由于要封锁巽他海峡保护通往爪哇本岛的海上交通线，因此东天竺水师实际上是处于分兵状态，前往萨武海护航的分遣队只有六个巡洋舰分队、四个巡航船分队总计二十八条战舰和二十四艘信报船，可谓力量有限。
幸好荷军爪哇舰队的实力也不强，算上接收苏拉威西海海战幸存的两艘四十门炮战舰及三艘武装商船在内，荷军主力战舰也不过与夏军一样只有二十八艘，只是武装商船的数量多达三十四艘，比夏军信报船多出十艘，略占优势，但关键的战列线炮船的数目却不足夏军巡洋舰的三分之二，因此双方实际上是势均力敌。
既然是势均力敌，战斗就相当的激励。荷军固然是没有退路，夏军也不想让同僚专美于前，双方都打出了自己现阶段最佳的水平，到处都是冲天的水柱和浓烈的硝烟，整个大海仿佛印度神话中被天神和阿修罗搅翻的乳海一样，充满了致命的威胁。
从苏拉威西海海战幸存者口中得知夏军战术的兰德生中将很快将整个舰队分成战舰队和辅助舰队两部，分别迎战夏军，希望能在己方主力牵制夏军主力的同时，先利用优势的辅助舰队获得胜利。然而兰德生中将显然没有想到，尽管荷军武装商船一度以数量压制了夏军信报船，但夏军依旧凭着远较荷军武装商船坚固的船体及较快的船速与荷军周旋。因此，荷军武装商船一时无法占到真正的上风。
战到当日未时三刻，荷军三十四艘武装商船中沉没了七艘、焚毁了六艘，另有四艘重创，船上水手伤亡更是超过千人；夏军方面也有十四艘信报船损毁沉没、近九百余名水手伤亡；可以说，双方都是血流成河。
双方轻型船只不分高低还在继续缠斗，主力战船队的交手却有了结果。
截止到当天酉时初刻，夏军主力舰队共损失四等巡洋舰一艘、巡航船六艘，另有一艘三等巡洋舰和四艘巡航船重创，二千一百余名官兵伤亡；荷军方面则损失二艘战列线炮船和四艘小型战舰，另有一艘战列线炮船和七艘小型战舰重创，伤亡水手二千四百余名。
就交换比来看，双方也只能说不分胜负，然而荷军战列线炮船数目有限，损失三艘等于损失了三分之一强的战力，而夏军损失两艘巡洋舰后依旧还有十艘可战，因此于大局无损；而且在巴达维亚、泗水等重要港口或失陷或被封锁后，荷军受创船只无法大修，损失几乎无法弥补；因此，从战略上来看，荷军已经彻底失败。
好在此时太阳已经落于海平面以下，双方无法继续交战，兰德生中将这才借着夜色，得以脱身。至于损失同样严重的夏军一时也无力继续追击，只是派出一艘状况尚且可以的巡航船向巽他海峡一线的水师主力报告状况，其余能就地修理的就地修理，不能就地修理的，只好蹒跚的带着伤员直接开往葡属帝汶岛休整。想来，墙头草的葡萄牙人绝不敢向拒绝荷兰人一样，拒绝夏军水师的进驻。
说实在的，仗打到这个份上，联合东印度公司距离彻底失败已经只有一步之遥了。只是荷兰人不敢服输，因为一旦服输，整个联合东印度公司就必然遭到破产的灭顶之灾，所以只能咬牙坚持下去，寻求一丝可能翻盘的机会。
可惜，翻盘的机会没有出现，致命一击却接踵而来---得知萨武海海战结果的常天远在恼羞成怒之余果断率领西线护航舰队越过巽他海峡直扑芝拉扎，一举将刚刚进港的荷兰爪哇舰队堵在港内。虽然兰德生海军中将几次冒险组织舰队突围，但始终被夏军堵在港内，反而因此损失了两艘战列线炮船和六艘武装商船。
无法突围的荷军舰队只好借助有限的岸防炮火来挡住夏军，希图藉此保住港内船只，如果，出于保存军舰的考虑，常天远并没有直接炮击港口。但荷兰人拖延的战术很快随着夏军火箭船的到来变成了泡影---夏军火箭虽然很难对付纯石质建筑，但对付木头船却是极大的杀伤力---在一场畅快淋漓的焰火表演后，荷军剩余舰船全部爆炸起火，连带芝拉扎港的码头及港口设施一起化为了灰烬。
尽管夏军没有进一步派遣水兵登陆，但在盛大的烟火秀之后，兰德生将军及荷军上下的抵抗意志悉数瓦解。在夏军劝降使节同意保证不对投降者进行杀戮的条件下，兰德生将军以下残余的九百余名荷军水手和八百多荷军港塞守备部队毫不犹豫的向常天远投降。随后被俘的兰德生中将被运回巴达维亚，代表华夏再次向城内评议会、总督劝降。
香料群岛舰队和爪哇舰队相继灭亡的消息如晴天霹雳一样震惊了整个巴达维亚，这可是整整一百二十条船呢，整个联合东印度公司不过两百艘而已，如今百分之六十化为乌有了，即便能保住东印度群岛，联合东印度公司的破产也就在眼前了，更何况，丢了舰队以后，外援中断，各地要塞已经不可能坚持下去了。
有了这样的明悟，在如丧考妣的同时，上层人物不得不考虑自己的将来了。破产当然是可怕的，但那是公司的财产，也就是十七人委员会的财产，并非是自己的，丢了自然不可惜。而且破产也不是最可怕的，可怕的是破产后没有东山再起的机会，那就是彻底沉沦了。既然有了这样的想法，众人考虑的更多的是如何保全自己的生命，以便日后能卷土重来。
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